南云更不知道，此时参战部队中还有一个人也正忍受着胃痛的煎熬，他就是本次战役日军名义总指挥山本五十六海军大将。三位主力干将同时染恙，似乎预示着日本人此战的前途就像身边的大雾一样前途不明。
从6月1日开始，在大雾中艰难航行的主力舰队也开始遭遇到一系列意外情况。上午10时，1架巡逻机发出侦察报告，舰队左侧约8000米处发现了1艘美军潜艇。驱逐舰“时雨”和“绫波”号立即扑了上去，主力舰队同时向右实施紧急规避，最终并未发现所谓的美军潜艇。当天从威克岛和沃特杰环礁出发的水上飞机在搜索海域发现了不止一、两艘美军潜艇。据此可以推测，中途岛以西海域很可能存在一条美军潜艇警戒线。宇垣怀疑美军对日军的战略意图已经有所觉察，“大和”号电讯人员的监听记录也从侧面印证了这一点，截听到夏威夷地区美军电文往来频繁，180多次无线电联络中标明“紧急”的竟然有72次之多。中途岛铩羽而归之后，当南云和草鹿得知“大和”号截听到如此多的无线电报并曾猜测敌人已经有所察觉的情况时非常愤慨，司令部为什么不把这一极为重要的敌情及时传达给机动部队呢？
造成这一后果的根本原因在于“想当然”。联合舰队司令部轻率地认为，“赤城”号比主力舰队距离敌人更近，自然会截听到这些电讯。同时，主力舰队同样必须保持无线电静默，向机动部队发出提醒必然会暴露自己的位置，从而使未来的主力对决丧失攻击的突然性。
恰在此时，蹩脚的海军军令部又画蛇添足地来帮倒忙。6月1日，东京给“大和”号发来了一份敌情判断通报，尼米兹精心策划的无线电佯动以及“卡塔琳娜”对图拉吉的袭击使军令部相信，美军的主力航母可能依然在南太平洋。军令部起初是反对中途岛作战的，但一旦计划获批大军出动，他们所负的责任比联合舰队更大。决战前几天，东京同样忙于搜集一切关于美军活动的情报，很可惜他们的判断是错误的。
东京并不知晓远征舰队在海上麻烦不断。1日当天，《日本时报与广告报》的社论再次对美国人进行了嘲笑：“现在美国正在拼命建造战列舰，这是非常自然的事情，但战列舰的建造并非一朝一夕所能完成的。在空中力量方面，美国的8艘航空母舰已丧失5艘，从而遭到了最沉重的打击。到美国重建起舰队时，日本也已能建成同样数量的战舰。在舰船设计方面，事实已雄辩地证明了日本的舰船远远优于美国。而且，重建的美国舰只不可能一下子同时出现，一定是造一艘出现一艘。这样，它建一艘，我们就吃掉一艘，难道还有什么力量能阻挡我占尽化势的帝国海军这样做吗？再说，美国舰队的机动性已经随着其海军基地逐个为我军所占领而遭到了几乎难以置信的削弱。”
中途岛当然看不到日本人的报纸，他们为抗击日军入侵所做的准备一刻都未放松。6月1日，在中途岛西南方向830-890公里处，两架实施搜索的“卡塔琳娜”再次与两架日军陆基轰炸机狭路相逢，交战结果美军3名士兵负伤。
双方巡逻机两次不期而遇并发生短暂交火的消息迅速传到了珍珠港，尼米兹对此颇为警觉，他希望这些意外不至于使日本人变更他们的作战计划。
两次空中遭遇战的消息同样传到了“赤城”号上。南云至少应该清楚两大事实：第一，美军侦察机可以飞到中途岛以外很远的地方，机动舰队被提前发现的几率很高，由于自己晚出发了一天，田中登陆部队也将提前处于危险之中。第二，由于“K号行动”失败使他完全无法掌握敌军主力的方位——当然这一事实南云目前尚未知晓。从理论上讲，美军的航母舰队可能太平洋的任何海域突然出现。不管对敌军方位的估计是悲观还是乐观，在没有确切情报的情况下，一名谨慎机敏的指挥官无疑要考虑去应对最糟糕的情况。但从现场情况来看，南云对发生的一切似乎无动于衷。
此事倒是引起了渊田的警觉。在对双方战机相遇地点进行一番详细测算之后，病床上的渊田判断，中途岛美军已将搜索范围扩大到了1300公里，看来之前关于美军空中巡逻不超过920公里的估计是完全错误的。
渊田接着又在地图上比划了一下，很快就发现了大问题。如果美国人的侦察距离真有那么远的话，现在位于中途岛以西1800公里处、以每天450公里速度向东北方向行驶的田中船队，将于南云机动部队对中途岛实施空袭的前一天——也就是6月3日进入美军侦察机的搜索范围。如此看来，田中船队是不是跑得有点快了？
忧心忡忡的绝对不止渊田一人。当天上午在华盛顿，陆军部长史汀生组织召开了军事委员会专题会议。马歇尔报告了西海岸之行，陆军部长做了令人揪心的最后总结，“我们正在抽调一切可以抽调的飞机，以便派去对付日军的这一威胁。形势十分严重，他们在航空母舰方面的实力比我们强得太多。我们的战列舰为了得到陆基飞机的保护就得紧靠海岸。如果海军审时度势不冒险驶出空中保护伞之外，我们也许能够将他们诱入我们可以有所作为的位置揍他们几下。”史汀生判断，战斗很可能在加利福尼亚南部海岸之外的某处海域打响。
在珍珠港，尼米兹一样在为两支出征特混舰队以及中途岛的守军担心。后来他在回忆录中写道，“日本舰队驶向中途岛时，我常常担心，焦虑不安。”在中途岛海战前后，尼米兹睡觉很少，他要考虑的问题实在太多了。加上他不在现场，不能亲眼目睹战局的进展，这更加深了他的忧虑——其实这种做法更有利于他站得更高去统领全局，恰恰更符合现代战争的规律。他已作出了与华盛顿高层针锋相对的判断，这样他就把自己的前途和命运与中途岛战役的胜负紧紧地拴在了一起。比个人荣辱远为重要的是，全体出征将士和所有舰船的命运都寄托于他，他必须对他们和它们负责。
和珍珠港事件之前的金梅尔上将类似，此时略显清闲的反倒是“大和”号上的山本大将。在向中途岛进军的航途中，山本通常每天不到5时就起床工作。在询问完当天的天气情况后，他会起身乘电梯来到作战指挥室。在向参谋人员简略而亲切地致过早安后，山本就一头扎进当天的电文堆中，开始仔细审阅大约100份左右的紧急电文，任何要点都不会逃过他敏锐的眼睛。之后他在6时左右走上舰桥，准备开始一天的主要工作，这时一般宇垣参谋长和“大和”号舰长高柳仪八大佐也在。每天除睡觉以外绝大部分时间他们都在舰桥上度过。
（日军航母上的飞行员在做体操）
